מזג האוויר בפנמה הוא טרופי ויחסית נוח בכל ימות השנה, אשר נחלקת לעונה יבשה ורטובה. עונת הגשמים נמשכת בין אוקטובר לנובמבר, כאשר הזמן הטוב ביותר לבקר במדינה הוא אמצע דצמבר וסוף מרץ. בשל מיקומה הגיאוגרפי, הלחות בפנמה גבוהה מאוד בכל ימות השנה עם ממוצע של כ-80%.

 

הטמפרטורות משתנות בהתאם לאזורים הגיאוגרפיים השונים ובמהלך היממה היא נעה בין 21 מעלות בלילה ועד 32 מעלות במשך היום. באזור ההרים, מזג האוויר פחות טרופי והטמפרטורות נעות בין 10 ל-19 מעלות בהתאם לגבהים השונים.

​